Durante el imperio incaico el Estado se encargaba de sostener a la Iglesia, un caso único en la América indígena. Los fines principales de la iglesia eran el incremento de las reservas alimenticias y la curación de los enfermos.

El dios supremo era Viracocha. Era inmortal y era el creador de todas las cosas de la tierra y el universo. También fueron adoradores del Sol, Inti, el dios principal, protector de la dinastía real. Se lo presentaba con una humana de la que salían rayos. Tenía un templo, el Coricancha. Le seguía en importancia el dios del Trueno, llamado Illapa, el agua de la lluvia –creían que venía de una fuente celestial–. La Luna, Manaquilla, era la esposa del Sol. El planeta Venus, era muy importante consideraban que cuidaba a los humanos. El grupo de estrellas de las Pléyades protegía a las semillas. Las diosas, de la tierra, Pachamama; y Mamacocha, del mar, eran muy importantes para la agricultura y la pesca. Las ofrendas a los dioses se colocaban en altares, a la vera de los caminos, eran llamados huacas. Existían también santuarios de piedra para orar, llamados apachetas.También reverenciaban a las cumbres cubiertas por nieves eternas. Lo significativo es que, prácticamente, no tenían templos pues, las ceremonias religiosas se desarrollaban al aire libre, en patios, que estaban en los centros ceremoniales.
Aunque los huacas y espíritus constituían las creencias populares mas extendidas, conviviendo con las creencias de la religión oficial del Estado. La definición de huacas no es sencilla, ya que este hace referencia a una fuerza espiritual que se halla por encima de lo cotidiano u ordinario, que puede materializar en objetos. Por tanto, todos estos objetos eran considerados huacas.
Estas huacas eran consideradas como benéficas y maléficas a las que se les reverenciaba con ofrendas buscando su protección, esto era realizado por los campesinos o caminantes. Y sus creencias no solo se limitaban a los espíritus, también desarrollaron un sistema de fetiches que eran transmitidos de padres a hijos durante generaciones. Los fetiches más destacables son los huauqui, que eran personales considerados dobles de las personas en el que residía el espíritu protector o tutelar. En general los fetiches tenían formas vegetales, de animales o simplemente no tenían una forma concreta como es el caso de la piedra bezoar que se consideraba que tenía un poder mágico fuera de lo común.
Por otra parte, el culto a los muertos era de especial importancia en especial lo relativo a la momificación. Las momias de los soberanos eran sacadas a modo de procesiones del Coricancha donde se encontraban depositadas. Pero el culto a los muertos era extensivo al resto de la población, todos los muertos recibían un culto específico, ya que se pretendía evitar su presencia o que realizaran actividades maléficas para los vivos. Para ello, se realizaban ofrendas consistentes en comida y chicha ya que consideraban que los muertos tenían hambre. Si analizamos esta actividad, la podemos relacionar claramente con los fetiches como lo material se relaciona con lo inmaterial o espiritual.
El mundo de los muertos se entendía de dos modos: había un cielo donde se disfrutaba de una vida de placeres y objetos propios del mundo de los vivos, al que iban los nobles y las personas buenas, existiendo como contrapartida un infierno un lugar inhóspito donde hacía frío y donde no se disfrutaba de ningún placer es más el alimento consistía en comer piedras, al cual iban las personas malvadas.

Los sacerdotes estaban divididos en categorías, el Sumo Sacerdote llevaba el nombre de Villac Humu, y era siempre algún pariente cercano del Inca.Este Sumo Sacerdote nombraba a los miembros del alto clero, los cuales elegían a sus ayudantes o subalternos que estaban controlados por inspectores nombrados por Villac Humu. Este sumo sacerdote presidía un Consejo Supremo compuesto por nueve o diez altos sacerdotes y dependiendo de su nivel tenían un determinado números de privilegios.
El Sumo Sacerdote se alimentaba exclusivamente de hierbas y raíces, bebiendo solamente agua y haciendo ayunos de forma continuada cada ocho días. En lugar donde vivía estaba situado en el campo aunque no demasiado alejado de la cuidad. Su vestimenta de diario y de ceremonias concretas era estaba compuesta por un sinfín de brazaletes, y mantos, destacando una tiara de oro con un sol en el centro. Además este Sumo Sacerdote era juez de todos los asuntos religiosos.
Por otro lado, estaban las clases de sacerdotes las cuales la mayoría eran monjes, que eran eunucos dedicados a cuidar de los conventos de las vírgenes del Sol. Estas vírgenes, eran escogidas a una edad comprendida entre los ocho y los doce años. Las más bellas eran llevadas a unos conventos dirigidos por matronas expertas, que se encontraban en las ciudades más importantes como las capitales de provincias, a lo largo de todo el imperio incaico.